Après plus de trois mois d'une lente navigation dans cet immense océan, les équipages presque morts de faim et de soif débarquent aux Philippines le 17 mars 1521. Les paysages de ces îles sont magnifiques et les indigènes accueillants. Sur l'île de Cebu, son roi se convertit même au christianisme avec son peuple. Mais à la fin du mois d'avril, tout change : Magellan est tué par les habitants d'une île voisine et le roi de Cebu tend une embuscade aux marins qui sont obligés de fuir en catastrophe sur leurs navires.

Après d'autres péripéties, les deux vaisseaux restant arrivent en novembre aux îles Moluques déjà connues des portugais.
Après avoir chargées des épices à bord, les deux navires reprennent leur route. Mais l'un d'eux, la Trinidad est contrainte de faire demi-tour pour réparer une voie d'eau. La Trinidad sera finalement arraisonné par les Portugais quelques temps plus tard.
Seule rescapée des cinq bateaux du départ, la Victoria commandée par le basque El Cano arrivent enfin à regagner l'Europe avec 18 membres d'équipage, achevant ainsi de boucler le premier tour de la terre.