A la fin de janvier 1531, Pizarro entreprit son troisième voyage avec cent quatre-vingts hommes et trois navires.

Arrivé à Cajamarca, dans l'actuel Pérou, il envoit des émissaires au chef Inca pour lui proposer une entrevue. Le roi Atahualpa accepte de rencontrer ces hommes barbus dont il pense, comme les aztèques, qu'ils sont des demi-dieux.

Le 16 novembre 1532, dès que les incas arrivent avec leur chef, Pizarro ordonne aussitôt à ses hommes de les massacrer sans pitié et de capturer Atahualpa.

Pour acheter la libération de leur roi, les incas offriront un trésor considérable à Pizarro constitué de plusieurs tonnes d'or. Mais malgré ces richesses dont il prend possession, le cruel conquistador fait exécuter Atahualpa.