Encouragés par les idées des humanistes certains tentent de réformer l'Eglise pacifiquement. D'autres, plus radicaux, prennent le relais.
A la fin du XVe siècle, l'Eglise catholique est en crise. Elle est très riche et les papes s'occupent davantage de politique et d'œuvres d'art que de religion.
La Réforme commence avec l'action de Martin Luther, un moine allemand qui, en 1517, dénonce les abus de l'Eglise et de ses représentants. Il affirme aussi que chacun est seul face à Dieu, sans autre intermédiaire que la Bible, ce qui rend inutile l'existence des prêtres et du pape. Luther est excommunié en 1521, mais beaucoup de princes allemands le soutiennent.
La Réforme se poursuit avec le Français Jean Calvin qui cherche à organiser et à structurer théologiquement la nouvelle Eglise. Les réformés sont aussi appelés protestants.
En Angleterre, le roi Henri VIII se sépare de Rome et crée ainsi l'Eglise anglicane dont il devient le chef.
Certains souverains, comme le roi de France, refusent que leurs sujets pratiquent une autre religion que la leur. Au milieu du XVIe siècle, commence une terrible période d'intolérance religieuse et de guerres au nom de la religion.

Dans les années 1540, la papauté entreprend de réformer l'Eglise et de lutter contre les progrès du protestantisme. Cette contre-Réforme, débute avec la réunion du concile de Trente convoqué par le pape Paul III en 1545. Les idées de Luther et de Calvin y sont fermement condamnées.

L'idéal optimiste d'une Europe humaniste et pacifique disparaît.
La Renaissance s'achève dans l'intolérance religieuse la plus totale.