Le 19 mai 1099, les croisés pénètrent en territoire fatimide. En effet, depuis août 1098, le vizir fatimide al-Afdal profitant que ses ennemis Turcs étaient occupés avec les Croisés, a repris possession de Jérusalem et de la Palestine.
L'armée croisée ne rencontre aucune résistance et le 7 juin 1099, plus de deux ans et demi après son départ, elle arrive enfin devant les remparts de Jerusalem.
La ville est toutefois très bien défendue et le siège dure plus d'un mois avant que les croisés ne s'en emparent. Les habitants musulmans et juifs sont tous massacrés.
La croisade a atteint son but, Jérusalem est redevenue chrétienne au prix d'innombrables victimes.